Pieni Sally-tyttö lähetetään asumaan isänsä ja tämän uuden tyttöystävän, Kimin, luo. Pariskunta on remontoinut käyttöönsä vanhan, komean maaseutukartanon, Blackwood Mansionin. Sally vierastaa Kimiä ja tuntee olonsa ulkopuoliseksi. Hulppea kartanokin näyttäytyy tytölle kylmän kalseana vankilana.

Sallyn Alex-isä on kiireinen työssään eikä ehdi hoitaa suhdetta tyttäreensä. Kim yrittää kaikkensa voittaakseen Sallyn puolelleen, mutta uhmakas tyttö ei lämpene tämän yrityksille. Sen sijaan Sally keskittyy tutkimaan kartanon kellaritilaa ja pihamaan kiehtovia sokkeloita ? vanhan talonmiehen varoituksista piittaamatta.
Tutkimusretkillään Sally tulee vahingossa vapauttaneeksi oliot, joiden olisi ollut parempi pysyä piiloissaan.

Guillermo del Toron käsikirjoitukseen pohjaava Älä pelkää pimeää on taidokas sekoitus hammaskeijutarua, hiuksianostattavaa jännitystä ja draamaa rikkinäisestä perheestä, jonka on pakko yhdistää voimansa kiperässä tilanteessa.