Espanjalaiset conquistadorit saapuvat Etelä-Amerikkaan 1560-luvulla, tarkoituksenaan löytää myyttinen El Doradon aarre. Mutta Perun osa Amazonin viidakkoa on osoittautumassa läpipääsemättömäksi esteeksi espanjalaisten johtajalle Gonzalo Pizarrolle. Viimeisenä toivonaan löytää aarre, Pizarro lähettää pienemmän retkikunnan jokea pitkin syvemmälle viidakkoon kolmen aatelisen johdolla. Jos retkikunta palaa takaisin tyhjin käsin, on Pizarron myönnettävä valloitusretken täydellinen epäonnistuminen...
Ankarat ja villit luonnonolot tekevät joukon etenemisen äärimmäisen vaikeaksi, ja tulisieluinen kapinahenkeä lietsova aatelinen Lope de Aguirre ottaa pian vallan. Ahneudesta, vallanhimosta ja raivosta sokaistunut Aguirre on päättänyt onnistua tehtävässä, ollen valmis uhraaman kaiken saavuttaakseen tavoittelemansa...

Aguirre oli ohjaaja Werner Herzogin ja näyttelijä Klaus Kinskin ensimmäinen yhteinen elokuva.