Balibo on poliittinen jännityselokuva, joka kertoo 25 vuoden takaisesta, niin kutsutusta Balibo Five-tragediasta, jonka tapahtumat herättivät lukuisia salaliittoteorioita vuosien kuluessa. Elokuva kiellettiin Indonesiassa, mutta johti myös virallisten tutkimusten aloittamiseen.

Indonesia on valtaamassa maan, ja viisi australialaisen tv-kanavan toimittajaa ja työntekijää ottaa asemapaikakseen rajakaupunki Balibon. Kun he katoavat epäselvissä olosuhteissa, sotakirjeenvaihtaja Roger East matkustaa paikalle ottamaan selvää tapahtuneesta. Sekä Indonesian että Australian hallitukset yrittävät peitellä kiisteltyjen surmien syitä vuosikymmenten ajan.